La commune des Villards d’Héria a la particularité de présenter deux ensembles cultuels de l’époque romaine distants à vol d’oiseau d’un kilomètre, reliés par une circulation d’eau souterraine nécessaire au fonctionnement du site inférieur. Villards d’Héria est situé dans le département du Jura à environ 40 km de Lons-le-Saunier, à une vingtaine de km de Saint-Claude et 3 km de Moirans-en-Montagne.
Le site possède deux sanctuaires. Le premier, le mieux documenté, est celui dit « site inférieur » qui a fait l’objet de fouilles jusqu’en 1982 par Lucien LERAT. Une publication de 1998, mise en forme par Hélène WALTER, reprend et globalise l’ensemble des connaissances, à date, sur ce site. Le second site est situé sur les berges du lac d’Antre. Il est décrit pour la première fois par DUNOD à partir de 1698. Très peu de recherches archéologiques ont été effectuées sur le site supérieur. La bibliographie ancienne est actuellement la plus importante source d’information.
Les auteurs s’entendent pour intégrer le sanctuaire dans le territoire Séquane , ce que montre également la carte de LONGNON avec les limites du « pagus Scodingorum », à la réserve près des limites de la Terre de Saint-Claude et de son rattachement au diocèse de Lyon .

Les eaux du lac d’Antre proviennent principalement de résurgences et de circulations souterraines en provenance du « Grande Maison » ou de la « Borne Sonnante » pour être collectées dans le bassin du lac. Les eaux du lac disparaissent dans les roches calcaires par la perte du lac qui alimente le « puits romain » (résurgence naturelle) situé au nord du sanctuaire du Pont des Arches. Le ruisseau d’Héria se crée et est au départ alimenté par le « Puits Noir » et le « Puits Blanc ». Selon William VAN ANDRINGA, l’eau est l’élément naturel qui unit les deux sites, ce qui expliquerait « l’implantation de deux sanctuaires distincts physiquement, installés à chaque extrémité du parcours des eaux » .
Ce constat rejoint l’étymologie proposée par Xavier DELAMARRE du terme « antre », « antros », « antrum » qui serait « la terre entre les eaux », soit le nom de l’île, en vieux celtique et indo-européen .

Cette agglomération-sanctuaire, située en altitude, à l’écart d’axes de circulation majeurs, se distingue notamment par l’originalité de son implantation dans un contexte montagneux et boisé où l’eau est omniprésente. Elle est à mettre en relation avec le probable village portuaire de Jeurre implanté à 6 km au sud au confluent de la Bienne et de l’Héria, positionnement stratégique qui dut favoriser l’acheminement des matériaux lourds depuis la vallée du Rhône vers le site de Villards d’Héria.

Le sanctuaire était probablement l’un des plus importants de la cité Séquane ; il avait un rayonnement régional et même interrégional comme en témoigne la dédicace (C.I.L., XIII, n° 5353) : « A Cnaeus Licinius Campanus, fils de Latinus, de la tribu Pomptina, Eduen, prêtre des trois Provinces des Gaules, gratifié de toutes les charges et honneurs de son pays, les Séquanes aux frais de l’Etat ».

On constate une nouvelle fois l’acculturation opérée entre les civilisations romaine et gauloise comme l’indique le caractère gallo-romain de l’ensemble monumental.

Le site inférieur est le lieu de culte situé sur les rives du ruisseau d’Héria à 710 m d’altitude. C’est le mieux connu. Toutefois, seule une partie en a été explorée. Il est formé de deux ensembles distincts : la zone cultuelle proprement dite et des bâtiments annexes, traditionnellement qualifiés d’hospitalia. Le complexe religieux de 110 m de long est divisé en trois parties. Au nord, se situe l’espace cultuel centré sur le puits romain, bassin de résurgence des eaux du lac d’Antre. A l’Ouest du bassin se trouve le Pont des Arches, formé de deux arches qui enjambent le ruisseau d’Héria et supportait un temple. Ce temple ouvrait ensuite par un escalier, à l’est, sur une place dallée au centre de laquelle se trouvait le puits romain. Ce bassin constitue le point central du sanctuaire, la « résidence naturelle de la divinité » . A l’Est de ce bassin, un escalier monumental donnait accès à une plateforme sur laquelle de nombreux fragments de bases et d’autels votifs ont été retrouvés. L’une de ces bases porte entre autres une dédicace à Mars, dieu vénéré sur les deux sanctuaires de Villards d’Héria. L’ensemble de cet espace cultuel était entouré de trois galeries, l’une au Nord, l’autre au Sud et la dernière à l’Ouest destinées à la circulation et permettant d’articuler les trois espaces du sanctuaire : le temple, la place et l’espace pour les autels.

Au sud de l’espace cultuel se situe une place trapézoïdale délimitée au Nord-est, à l’Est et au Sud par des galeries de circulation. Le centre de cette place est occupé par une construction circulaire de 7 m de diamètre extérieur en grand appareil. L’identification de cet édifice pose problème.
Son emplacement, sur une canalisation issue du puits romain, indiquerait l’usage d’un bassin.
Néanmoins, aucune trace de mortier hydraulique n’a été découverte. Van Andringa donne une fonction à un tel espace : « On pense alors à la distinction établie par Pline, à propos du sanctuaire de Cérès installé sur ses terres, entre le temple, domaine de la déesse, et le portique réservé, précise-t-il, à l’usage des hommes. Au val d’Héria, le portique trapézoïdal, mitoyen du temple et du bassin, était lui-aussi réservé aux visiteurs du sanctuaire qui pouvaient alors rejoindre le temple de la divinité ou fréquenter le balnéaire alimenté par la source ».

L’espace balnéaire occupe la troisième partie de la zone cultuelle du Pont des Arches. Ce bâtiment est divisé en deux parties non communicantes possédant chacune une salle avec piscine, une salle sur hypocauste avec sa salle de chauffe et un certain nombre d’autres pièces non identifiées. L’ensemble de ce complexe est entouré de deux galeries, à l’est et à l’ouest d’une longueur de 70 m. Une galerie plus petite (24 m de large) vient clôturer l’espace au Sud. Cet ensemble ne constitue pas un espace thermal.
Outre l’espace cultuel fouillé en grande partie par Lucien LERAT, d’autres bâtiments ont été mis au jour sur la rive droite de l’Héria, au lieu-dit « Champs des Tras ». Deux états de construction ont été mis au jour par ODOUZE de 1969 à 1972. Selon lui, le premier état daterait du 1er siècle ap. J-C, il s’agirait de constructions modestes à soubassement de pierres et cloisons de bois qui auraient brûlé . DUNOD indique encore d’autres bâtiments sur le site inférieur comme « le palais du Gouverneur de la Ville », un amphithéâtre de forme ovale et des halles. Ces bâtiments ne sont à ce jour pas identifiés.
1.2. Le site supérieur
Le site supérieur est implanté à 806 m d’altitude sur les berges nord-est du lac d’Antre. Il comporte des vestiges qui sont décrits depuis la fin du XVIIe. Certains furent révélés lors de la construction de la métairie du lac vers 1679 par le Sieur Rosset de Saint-Claude sur l’emplacement du grand temple. Il est rectangulaire, la cella mesurerait 18 x 19 m et comportait « quatre assises de gros appareil ». Deux inscriptions ont été découvertes dans la construction de la métairie. L’une d’entre elles est une dédicace à Mars Auguste (CIL XIII 5343). Les écrits de DUNOD, publiés à partir de 1698, indiquent la présence d’un second édifice.

Il s’agit d’un autre temple, plus petit que le précédent et de forme circulaire. Contrairement au temple de Mars, celui-ci était construit en petit appareil. Cet édifice n’a livré que des fragments de statue sculptés , et une base de statuette qui mentionnait, gravé en pointillés le mot « Bellon » correspondant au nom de la déesse Bellone (CIL XIII 5351). Nous pouvons donc supposer que ce temple circulaire était dédié à Bellone, épouse de Mars. Plusieurs autres édifices ont été repérés au cours des siècles, mais nous n’avons aucune certitude concernant leur identification. On note la présence d’une enceinte qui entoure les deux temples que William VAN ANDRINGA identifie au temenos d’un sanctuaire monumental dédié à Mars et Bellone. Selon lui, il est probable qu’elles aient été des divinités patronnes du lac, ce qui expliquerait qu’on les retrouve dans le site inférieur .
Le lac par lui-même n’a fait l’objet que de quelques recherches par Pierre PETREQUIN et Jean Louis ODOUZE qui ont surtout indiqué l’absence de palafittes et la présence de barrage en terre. Il est à noter que le niveau du lac a été rehaussé de 4 mètres par rapport à son niveau naturel avec la construction successive de deux barrages, le premier datant de la fin du XIXème siècle. Sur l’origine anthropique ou non du lac, Vincent BICHET a démontré qu’il s’agissait bien d’un réservoir naturel .